【研究成果】がん遺伝子パネル解析支援ソフトウェア「Varporter」の開発 ～より適切な個別化医療、遺伝性腫瘍の評価を目指して～
【概要】
がんの遺伝子変異は患者によって異なり、その変異に対応した分子標的治療薬を用いる個別化医療が進められています。また、がんになる確率の高い遺伝子の変化（バリアント）を生まれつき持っていることから生じる遺伝性腫瘍も含まれることが知られています。これらを確認するための検査である、がん遺伝子パネル検査が保険適用となり、その検査数が急激に増えていますが、その検査結果を評価する人員は不足しており、その体制の構築が急務となっています。そこで、当学医学部 附属フロンティア医学研究所 ゲノム医科学部門は、附属病院遺伝子診療科（医学部遺伝医学教室）との協力で、その検査の大半を占める「FoundationOne CDx がんゲノムプロファイル」の検査結果の評価を支援するソフトウェア「Varporter」を開発いたしました。本ソフトウェアを用いることにより、これまでマニュアルで行っていた煩雑な作業の自動化、効率化を図ることが可能となり、より適切な個別化医療や遺伝性腫瘍の可能性の評価が行えるようになることが期待されます。
がんの遺伝子変異は患者によって異なり、その変異に対応した分子標的治療薬を用いる個別化医療が進められています。また、がんになる確率の高い遺伝子の変化（バリアント）を生まれつき持っていることから生じる遺伝性腫瘍も含まれることが知られています。これらを確認するための検査である、がん遺伝子パネル検査が保険適用となり、その検査数が急激に増えていますが、その検査結果を評価する人員は不足しており、その体制の構築が急務となっています。そこで、当学医学部 附属フロンティア医学研究所 ゲノム医科学部門は、附属病院遺伝子診療科（医学部遺伝医学教室）との協力で、その検査の大半を占める「FoundationOne CDx がんゲノムプロファイル」の検査結果の評価を支援するソフトウェア「Varporter」を開発いたしました。本ソフトウェアを用いることにより、これまでマニュアルで行っていた煩雑な作業の自動化、効率化を図ることが可能となり、より適切な個別化医療や遺伝性腫瘍の可能性の評価が行えるようになることが期待されます。
【主な機能】
- 解析結果ファイルに含まれるxmlファイルを複数症例まとめて処理し、各種情報（症例ID、サンプル情報、一塩基バリアント[SNV]、コピー数バリアント[CNV]、遺伝子融合[Fusion]、腫瘍割合、マイクロサテライト不安定性[MSI]、腫瘍変異負荷[TMB]など）をエクセルに取り込むことが可能
- 各種データベースへのリンクの自動生成（UCSC Genome Browser、 Variation Viewer、 OncoKB、 Varsome、 TogoVar、 gnomAD、 CADD、 Mutation Taster）
- 厚生労働科学研究費 小杉班による生殖細胞系列バリアントの開示推奨度に基づき、基準以上の遺伝子のみをフィルタ表示
- 出力ファイルを別途解析することにより、ClinVar、健常人でのアリル頻度 (ToMMo、 gnomAD)、バリアント機能予測（SIFT、 Polyphen2）、 体細胞変異カタログCOSMIC、治療薬エビデンス（CIViC、OncoKB）などのアノテーション情報を付加し取り込み可能
- シートのセル参照を用いた所見用紙テンプレートへの自動記入
- 複数症例のSNV、CNV、Fusionを一つのシートにまとめたサマリーの作成（同梱の別ソフトVarsumを使用）
生殖細胞系列由来であることが推定される病的バリアント（PGPV、presumed germline pathogenic variant）の検討に必要な情報の付加がメインの機能となっていますが、薬剤治療標的を検討する通常のエキスパートパネルのためのデータ整理にもお使いただけます。本ソフトウェアにより、煩雑なマニュアル作業の自動化、効率化を図ることが可能となり、その作業のために必要となっていた人的資源を本質的な業務に振り向けることで、より適切な個別化医療や遺伝性腫瘍の可能性の評価が行えるようになることが期待されます。