本講座は1950年（昭和25年）4月に札幌医科大学の開学と同時に、皮膚泌尿器科学講座として発足しました。1951年（昭和26年）1月に初代教授として小室秀一郎教授が就任。小室教授が短期間で転出された後、同年9月に第2代目教授として外塚岩太郎教授が着任しました。

　その後、1956年（昭和31年）2月に第3代目教授として高井修道教授が就任され、横浜市立大学泌尿器科学教授として転出する1968年（昭和43年）3月まで活躍されました。高井教授就任中の1964年（昭和39年）2月、皮膚泌尿器科学講座から泌尿器科学講座が独立しました。

　1968年（昭和43年）8月には第4代目教授として熊本悦明教授が着任され、特に、内分泌学、男性学および尿路感染症の研究・診療に力を注がれました。27年間にわたって多くの人材に育成に貢献され、現在の講座の礎を築かれました。

　熊本教授は1995年（平成7年）3月に定年退職され、同年7月に塚本泰司教授が第5代目教授として就任されました。塚本教授は前立腺肥大症の自然史や泌尿器がんの基礎的・臨床的研究などの領域で国際的にも評価の高い業績をあげられ、18年間の在位中に講座のさらなる発展に貢献されました。また、2008年4月より4年間、札幌医科大学附属病院病院長も務められ、2013年（平成25年）3月に退職されました。

　その後、同年8月に舛森直哉教授が第6代目教授として就任し、現在に至っています。