本学は、医学に関する学理と応用を教授研究し、併せて北海道総合開発の一環として、道民の医療を担当する医師の育成を目的として、北海道庁立女子医学専門学校を基礎に昭和25年道立の新制医科大学として設置されました。当初は専門課程（入学定員40名）のみをもって発足しましたが、年次をおってその概要を述べると次のとおりです。
昭和25年 ２月20日 札幌医科大学設置認可（学生入学定員40名）
昭和25年 ３月25日 札幌医科大学条例公布
昭和25年 ４月１日 開学 大野精七学長に就任
昭和25年 ４月20日 第１回入学式挙行
昭和25年 ６月25日 開学式挙行（大学記念日とする）
昭和26年 ４月１日 口腔外科学、整形外科学、法医学、放射線医学の各学科目増設
昭和28年 ３月31日 学生入学定員60名に増員
昭和28年 ４月１日 事務局並びに学務部設置
昭和29年 ３月20日 第１回卒業式挙行（卒業生36名）
昭和30年 ９月１日 附属がん研究所設置
昭和31年 ３月31日 大学院医学研究科設置認可（学生入学定員25名）
昭和31年 ４月１日 麻酔学学科目増設
昭和33年 １月10日 進学課程設置
昭和33年 ４月１日 口腔治療学学科目増設
昭和35年 ６月25日 開学10周年記念式挙行
昭和36年 ４月１日 中川論学長に就任
昭和37年 ４月１日 公衆衛生学学科目増設
昭和37年 12月20日 学部学生入学定員80名に増員
昭和38年 ４月１日 大学院学生入学定員社会医学系１人、外科系２人増員（総員28人）
昭和39年 ４月１日 皮膚泌尿器科学の学科目を分離
昭和39年 ７月１日 専門課程の学科目制を講座制に改正
昭和40年 ４月１日 新保幸太郎学長に就任
昭和40年 ４月１日 大学院学生入学定員内科系１人、外科系１人増員（総員30人）
昭和43年 ４月１日 口腔外科学第二講座廃止
昭和43年 ４月１日 生化学第二講座増設
昭和43年 ９月１日 附属臨海医学研究所設置
昭和44年 ４月１日 共同研究施設部設置
昭和45年 ２月１日 新保幸太郎依願退職
昭和45年 ２月１日 渡辺左武郎学長職務代理を命ぜられる
昭和47年 ２月９日 渡辺左武郎学長に就任
昭和49年 １月23日 学部学生入学定員100名に増員
昭和49年 ３月30日 放射性同位元素研究センター竣工
昭和50年 ６月25日 開学25周年記念式挙行（創基30周年）
昭和52年 ８月５日 附属がん研究所竣工
昭和53年 ９月30日 体育館竣工
昭和54年 １月26日 大学校舎南棟増築
昭和54年 ４月１日 進学課程及び専門課程の区分を廃止
昭和55年 ２月９日 和田武雄学長に就任
昭和56年 ４月１日 附属がん研究所生化学部門設置 内科学第４講座増設
昭和57年 ２月16日 動物実験施設竣工
昭和57年 ４月１日 大学院学生入学定員内科系１人増員（総員31人）
昭和57年 ５月16日 動物実験施設部設置
昭和58年 ６月23日 附属病院整備第１期工事竣工
昭和58年 ９月６日 附属病院円山分院廃止
昭和60年 10月１日 札幌医科大学衛生短期大学部内に４年制大学に移行するため「将来構想委員会」設置
昭和61年 ２月９日 菊地浩吉学長に就任
昭和61年 ３月13日 附属病院整備第２期工事竣工
昭和61年 ４月１日 検査診断部を廃止 検査部、機器診断部、病理部設置
昭和61年 11月18日 西17丁目道路整備工事（緑化工事）竣工
平成３年 ７月１日 国際医学交流センター竣工
平成４年 ２月９日 谷内昭学長に就任
平成４年 ４月１日 札幌医科大学保健医療学部開設準備室設置
平成４年 12月21日 札幌医科大学保健医療学部設置認可
平成５年 12月５日 札幌医科大学条例（一部改正条例）の施行により保健医療学部を設置
平成５年 ４月１日 保健医療学部（入学定員90名）を開設（看護学科、理学療法学科、作業療法学科）
平成７年 ３月31日 リハビリテーション教育実習棟改修
平成８年 ２月９日 谷内 昭学長再任される
平成９年 12月19日 札幌医科大学大学院保健医療学研究科設置認可
平成10年 １月６日 札幌医科大学条例（一部改正条例）の施行により保健医療学研究科を設置
平成10年 ２月９日 秋野豊明学長に就任
平成10年 ４月１日 大学院保健医療学研究科（修士課程）（看護学専攻、理学療法学・作業療法学専攻）を開設 医学部に地域医療総合医学講座を開設
平成11年 １月29日 基礎医学研究棟竣工
平成11年 ４月１日 附属情報センター設置 共同研究施設部を教育研究機器センターに改組
平成11年 12月22日 大学院保健医療学研究科（博士課程）（理学療法学・作業療法学専攻）設置認可
平成12年 ４月１日 大学院保健医療学研究科（博士課程）を開設
平成12年 ４月１日 学務部を廃止、学生部設置
平成12年 ４月１日 学部に副学部長制（２名）施行
平成12年 ４月１日 医学部に臨床検査医学講座を開設
平成12年 ６月25日 開学50周年（創基55周年）記念式挙行
平成12年 10月１日 札幌医科大学交流会館竣工
平成13年 ４月１日 大学院医学研究科（地域医療人間総合医学専攻、分子・器官制御医学専攻、情報伝達制御医学専攻）を開設
平成13年 ４月16日 札幌医科大学地域医療支援センターの設置
平成13年 11月16日 札幌医科大学教員が参加したベンチャー企業が誕生
平成14年 ４月１日 札幌医大病院ファミリーハウス竣工
平成16年 ２月７日 今井浩三学長に就任
平成16年 ４月１日 医局廃止、新医師派遣システム始動、研修医制度開始
平成16年 ４月１日 医学部附属病院から大学附属病院に名称変更
平成18年 ４月１日 附属総合情報センター設置（附属図書館、附属情報センターの統合組織）、附属産学・地域連携センター設置
平成19年 ４月１日 独立行政法人化「北海道公立大学法人 札幌医科大学」