SAPPORO Genome Browser
1. 初めに
2. リファレンスと遺伝子情報の準備
3. chrファイルの作成
4. リファレンスの指定
5. sprファイル
1. 初めに
SAPPOROをダウンロードして適当なフォルダに解凍します。
SAPPORO.exeで起動します。
起動時にchrファイルの場所と遺伝子情報の場所を聞いてきます。
chrファイルがなくて開けない場合は、SAPPORO.iniを削除してください。
2. リファレンスと遺伝子情報の準備
デフォルトではdummyのリファレンスが指定されています。
fa形式の適切なファイルと遺伝子情報をwebからダウンロードしてください。
例えば、hg19ならばUCSU(http://genome.ucsc.edu/)のchromFa.tar.gz(http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bigZips/chromFa.tar.gz)が、
遺伝子情報はrefGene.txt.gz(http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/database/refGene.txt.gz)を利用できます。
それぞれ解凍してください。
3. chrファイルの作成
複数のfaファイルの場所を指定するchrファイルを作成する必要があります。
chrファイルはタブ区切りで一列目に染色体名、二列目にファイルパスを記入します。
プログラムから作成する場合は、File-Convert-Reference Fileをクリックして
Addからマッピングに使用した染色体をすべて指定します。
4. リファレンスの指定
File-Change Referenceで、ファイルダイアログを開きます。
3で作成したchrファイル、遺伝子情報のファイル(2.で解凍したもの)を順に選んでください。
指定していない場合や設定ファイルを消した時は、起動時に聞いてきます。
一度指定すれば、起動のたびに同じものが指定されます。
5. sprファイル
シークエンスデータを高速で表示するためにはsprファイルが必要です。
現在のバージョンでは1タグ50塩基のデータのみで、表示する際はフラグメントを考慮し1タグ300塩基の長さで見えます。
（タグ表示の際は50塩基の長さになります）
sprファイルはウィンドウにD&Dするだけで表示することができます。
さらに、sprファイルを圧縮することで小さいサイズで保管・持ち運びが可能になります。
6. sprファイルの作成
現在のバージョンではsolidのデータをbioscopeでマッピングした*.csfasta.maの形式が最も早く変換できます。
File-Convertから形式にあったメニューを選択し、ファイルを選んでください。
